The book provides an undergraduate (final year) introduction to bioinformatics focussing on two key areas, genomics and protein sequence analysis. It provides an overview of primary, composite and secondary databases, and gives a brief introduction to the Internet and the world wide web.

In this book, leading bioinformatics experts critically review the tools and web servers currently available. Each chapter provides a clear explanation of the use, purpose and future potential of the tools for a given application. Topics covered include the use of multiple alignment methods, analysis of expression data, structural genomics, proteing structure prediction, and much more. An essential book for all scientists working in genomics, proteomics and metabolomics.

Bioinformatics develops methods for manipulating biological data to solve problems in biology. After reviewing the structure of protein, DNA, and RNA, this introduction to the field describes the methods used to derive macromolecular structure data, and the data formats and databases that represent and store the data. The 29 contributions characterize structure classification schemes, structure validation, secondary structure assignment, and protein interactions. Other topics include ligand design, homology modeling, and fold recognition methods. The book may be useful to working bioinformaticians, but is primarily intended for students. Book News, Inc.®, Portland, OR

Examining the application of computational and analytical methods to biological problems, this guide for biologists, researchers, and students, offers a structured approach to biological data and computer tools for analyzing it. The book covers the Unix file system, the development of tools and databases, computational approaches to biological problems, the use of Perl, data mining, data visualization, and customizing data analysis software. Book News, Inc.®, Portland, OR

Einführung in die Praktische Bioinformatik bietet einen Einstieg in die anwendungsorientierte Bioinformatik und vermittelt einen Überblick über die wichtigsten Methoden, Tools und Datenbanken. Das Buch wendet sich vornehmlich an Biologen, aber auch andere Naturwissenschaftler sowie Informatiker können sich damit einen Überblick über die aktuellen Fragestellungen und Lösungsansätze der Bioinformatik verschaffen.

Einführung in die Praktische Bioinformatik behandelt folgende Themen:

• Nutzung von Sequenz-, Genom- und Molekularstruktur-Datenbanken
• Tools zur Identifizierung von Genen und zur Erkennung von charakteristischen Mustern in Genfamilien
• Tools zur Modellierung phylogenetischer Verwandtschaften, molekularer Strukturen und biochemischer Eigenschaften
• Einrichten einer Linux-Workstation für Bioinformatik-Projekte
• Automatisierung der Prozesse zur Datenanalyse und -verarbeitung
• Aufbau von Datenbanken
• Tools für das Data Mining und die Visualisierung von Daten

Wie berechnet man multiple Alignments? Wie benutzt man eine Datenbank, um die mühsam im Labor ermittelten Ergebnisse zu analysieren? Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Geheimnisse der Bioinformatik ein, ohne dass man als Naturwissenschaftler gleich Informatik im Nebenfach belegt haben muss. Schwerpunkt des Buches sind die Grundlagen und verschiedenen Möglichkeiten der Sequenzanalyse. Nach einer Einführung in primäre Datenbanken und die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches im globalen und lokalen Alignment geht es über die gängigsten heuristischen Verfahren zur Datenbanksuche (FASTA und BLAST), multiple Alignments und Substitutionsmatrizen bis hin zur Berechnung phylogenetischer Bäume. Zu jeder Methode werden Online-Tools im Internet oder als freie Software angegeben. Der Leser wird so in die Lage versetzt, die beschriebenen Methoden selbständig nachzuvollziehen.

Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function. Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs, today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most users of BLAST, however, seldom move beyond the program's default parameters, and never take advantage of its full power.
BLAST is the only book completely devoted to this popular suite of tools. It offers biologists, computational biology students, and bioinformatics professionals a clear understanding of BLAST as well as the science it supports. This book shows you how to move beyond the default parameters, get specific answers using BLAST, and how to interpret your results. The book also contains tutorial and reference sections covering NCBI-BLAST and WU-BLAST, background material to help you understand the statistics behind BLAST, Perl scripts to help you prepare your data and analyze your results, and a wealth of tips and tricks for configuring BLAST to meet your own research needs.

Life science data integration and interoperability is one of the most challenging problems facing bioinformatics today. In the current age of the life sciences, investigators have to interpret many types of information from a variety of sources: lab instruments, public databases, gene expression profiles, raw sequence traces, single nucleotide polymorphisms, chemical screening data, proteomic data, putative metabolic pathway models, and many others. Unfortunately, scientists are not currently able to easily identify and access this information because of the variety of semantics, interfaces, and data formats used by the underlying data sources.
Bioinformatics: Managing Scientific Data tackles this challenge head-on by discussing the current approaches and variety of systems available to help bioinformaticians with this increasingly complex issue. The heart of the book lies in the collaboration efforts of eight distinct bioinformatics teams that describe their own unique approaches to data integration and interoperability. Each system receives its own chapter where the lead contributors provide precious insight into the specific problems being addressed by the system, why the particular architecture was chosen, and details on the system’s strengths and weaknesses. In closing, the editors provide important criteria for evaluating these systems that bioinformatics professionals will find valuable.

Bioinformatics - the use of computers to retrieve, process, analyze and simulate biological information - promises to revolutionize the process of drug discovery and development. This book provides a broad, application-oriented overview of this technology. Contributions by internationally renowned specialists in the field afford a detailed insight into single bioinformatics components and algorithmic methods. In addition, the state-of-the-art in bioinformatics is evaluated equally from a global view by introducing real application scenarios such as genome projects that require the use of a whole set of bioinformatics tools.
The profound knowledge on bioinformatics presented here not only enables readers to go beyond a mere push-button approach to using bioinformatics software and interpreting the data generated appropriately. It is also essential to assess the potential and limitations of today's bioinformatics software and future challenges. Directed to all those involved in the use or development of new bioinformatics tools - scientists and managers from the fields of molecular biotechnology, pharmaceutics, and medicinal chemistry - this book will lead one step further on the way to rational drug design.

Introduction to Bioinformatics by Arthur Lesk is a timely and much-needed textbook which provides an accessible and thorough introduction to a subject which is becoming a fundamental part of biological science today. As a pioneer of the use of bioinformatics techniques in research, Dr Lesk brings unrivalled experience and expertise to the study of this field. The aim of the book is to generate an understanding of the biological background of bioinformatics, and to integrate this with an introduction to the use of computational skills. Without describing computer science or sophisticated programming skills in detail, the book supports and encourages the application of the many powerful computational tools of bioinformatics in a way that is both relevant to and stimulating for the reader. The book contains numerous problems and innovative Weblems (for Web-based Problems) to encourage students to engage with the subject and with the accompanying web site and to develop a working understanding and appreciation of the power of bioinformatics as a research tool.

Arthur Lesks "Bioinformatik" ist das erste geschlossene, konzeptionell durchdachte Einführungslehrbuch für dieses aufstrebende neue Fach. Die Bioinformatik-Literatur verlässt damit die Schnellschuss- oder Sammelwerk-Phase und wird didaktischer. Das sehr verständlich geschriebene und mit zahlreichen anschaulichen Beispielen versehene Werk richtet sich an Studenten und Wissenschaftler, die folgende Fragen beantworten müssen: Wie lassen sich die genom- und proteinbezogenen Datenarchive nutzen und erschließen? Welche Werkzeuge sind entwickelt worden, um sinnvoll mit diesen Archiven umzugehen? Welche Fragen kann man mithilfe dieser Daten und Werkzeuge beantworten? Die begleitende (englischsprachige) Website des Originalverlags führt von den im Buch präsentierten Aufgaben und Programmen zu interaktiven Links und ermöglicht es dem Leser somit, ein praktisches Verständnis und Wertschätzung der Macht der Bioinformatik als Forschungswerkzeug zu entwickeln.

Durchblick durch die Informationsflut einer aufstrebenden Wissenschaft Als die Bioinformatik noch in den Kinderschuhen steckte, waren Programmierkenntnisse nötig, um mit den kryptischen Programmen zu arbeiten. Ihren Boom verdankt sie dem rasanten Wachstum im Bereich Informatik und den damit einher gehenden Hard- und Software-Entwicklungen sowie dem Siegeszug des WWW. Heute gehören Techniken wie Sequenzsuchen mit dem BLAST-Algorithmus, paarweise und multiple Sequenzvergleiche, Abfragen biologischer Datenbanken, die Erstellung phylogenetischer Untersuchungen und vieles mehr zum täglichen Handwerkszeug eines Naturwissenschaftlers. Der Leser lernt die biologischen Grundlagen, die Werkzeuge der Bioinformatik, ihre Verfügbarkeit, den Ort ihrer Verfügbarkeit und ihr sicheres Handhaben kennen. Übungen, die an jedem PC mit Internetzugang durchgeführt werden können, helfen, das Gelernte zu vertiefen. Diese Einführung in die "angewandte Bioinformatik" strukturiert eine komplexe wissenschaftliche Thematik.

Dieses Buch bietet eine Einführung in die wichtigsten Algorithmen der Bioinformatik. Schwerpunkte sind die Methoden des Sequenzvergleichs und Verfahren zur Charakterisierung von Proteinfamilien, insbesondere Hidden-Markov-Modelle. Daneben werden Algorithmen zur Vorhersage der Proteinraum-, Proteinsekundär- und RNA-Sekundärstruktur vorgestellt. Der Text ist in sich geschlossen; er vermittelt die für das Verständnis erforderlichen statistischen und biologischen Grundlagen sowie eine Einführung in Genetische Algorithmen und Neuronale Netze.
Besonderer Wert wird auf die Vertiefung und Festigung der Kenntnisse durch praktisches Üben gelegt. Auf der Begleit-CD sind interaktive und internetbasierte Lektionen vorbereitet, deren Bearbeitung das Verständnis der relevanten Algorithmen wesentlich erleichtert. Sie führen in die Verwendung der wichtigsten Methoden ein und fördern die kritische Bewertung und Analyse der Verfahren und Ergebnisse. Zusätzlich können DNA- und Proteinraumstrukturen interaktiv untersucht werden.
Der Text ist geeignet für alle, die sich einen Einblick in die gängigen Bioinformatik-Methoden verschaffen wollen: Studenten der Biologie oder Informatik und diejenigen, die bereits bioinformatische Werkzeuge nutzen und daran interessiert sind, die zugrundeliegenden Konzepte zu verstehen.

A textbook based on Mount's (U. of Arizona) undergraduate and graduate courses on applying computational methods to the analysis of DNA and protein sequences. Convinced that people who use a computer program should understand how it works, he explains to biologists the underlying algorithms used and assumptions made, as well as limitations of the methods and strategies. Most of the chapters include a flowchart proposing an orderly use of the methods discussed therein. Tables in hyperlinked form identify web sites where software and programming resources are available. Book News, Inc.®, Portland, OR

Die Bioinformatik ist für die Weiterentwicklung der modernen Biowissenschaften von herausragender Bedeutung. In Grundzügen wird sie Teil einer jeden Ausbildung zum Biologen oder Biochemiker werden. Obwohl die Zahl der angebotenen Lehrveranstaltungen rapide zunimmt, gibt es bisher auf dem deutschsprachigen Markt noch kein Lehrbuch zu dieser Thematik. Das vorliegende Werk schließt diese Lücke.
Reich bebildert und mit relativ wenig mathematischem Formelaufwand werden die Grundlagen der Bioinformatik gut verständlich aufbereitet. Die Themenauswahl ist dabei auf die Bedürfnisse der experimentell tätigen Biochemiker, Biologen und Mediziner abgestimmt. Auf die wichtigsten Hilfsmittel, die das Internet kostenlos bietet, wird ausführlich eingegangen. Die Inhalte werden in der Abfolge Sequenz - Struktur - Funktion entwickelt.

Provides an overview of the rapidly evolving field of genomics with coverage of nucleic acid technologies, proteomics and bioinformatics. It includes chapters on applications in human health, agriculture and comparative genomics and also contains two chapters on the legal and ethical issues of genomics, a topic that is becoming increasingly important as genomics moves out of the laboratory into practical applications.

DNA microarrays have revolutionized molecular biology and are becoming a standard tool in the field. Dov Stekel's book is a comprehensive guide to the mathematics, statistics and computing required to use microarrays successfully. Unlike traditional molecular biology, the successful use of DNA microarrays requires the application of statistics and computing to design the arrays and experiments, and to analyze and manage the data. This book is written for researchers, clinicians and laboratory managers.

With its highly developed capacity to detect patterns in data, Perl has become one of the most popular languages for biological data analysis. But if you're a biologist with little or no programming experience, starting out in Perl can be a challenge. Many biologists have a difficult time learning how to apply the language to bioinformatics. The most popular Perl programming books are often too theoretical and too focused on computer science for a non-programming biologist who needs to solve very specific problems.
Beginning Perl for Bioinformatics is designed to get you quickly over the Perl language barrier by approaching programming as an important new laboratory skill, revealing Perl programs and techniques that are immediately useful in the lab. Each chapter focuses on solving a particular bioinformatics problem or class of problems, starting with the simplest and increasing in complexity as the book progresses. Each chapter includes programming exercises and teaches bioinformatics by showing and modifying programs that deal with various kinds of practical biological problems. By the end of the book you'll have a solid understanding of Perl basics, a collection of programs for such tasks as parsing BLAST and GenBank, and the skills to take on more advanced bioinformatics programming. Some of the later chapters focus in greater detail on specific bioinformatics topics. This book is suitable for use as a classroom textbook, for self-study, and as a reference.

Einführung in Perl für Bioinformatik ist eine praxisorientierte Programmiereinführung speziell für Biologen ohne Vorkenntnisse. Es stellt viele Perl-Programme und Techniken vor, die im Labor sofort sinnvoll eingesetzt werden können. Die einzelnen Kapitel konzentrieren sich auf jeweils ein Problem bzw. eine Gruppe von Problemen der Bioinformatik und beschreiben, wie man diese mit Perl löst. Mit vielen Programmbeispielen, Übungen und ausgearbeiteten Lösungen zeigt der Autor Schritt für Schritt, wie man mit Perl programmiert.

Historically, programming hasn't been considered a critical skill for biologists. But now, with access to vast amounts of biological data contained in public databases, programming skills are increasingly in strong demand in biology research and development. Perl, with its highly developed capacities in string handling, text processing, networking, and rapid prototyping, has emerged as the programming language of choice for biological data analysis.
Mastering Perl for Bioinformatics covers the core Perl language and many of its module extensions, presenting them in the context of biological data and problems of pressing interest to the biological community. This book, along with Beginning Perl for Bioinformatics, forms a basic course in Perl programming. This second volume finishes the basic Perl tutorial material (references, complex data structures, object-oriented programming, use of modules-all presented in a biological context) and presents some advanced topics of considerable interest in bioinformatics.

This book contains articles written by experts on a wide range of topics that are associated with the analysis and management of biological information at the molecular level. It contains chapters on RNA and protein structure analysis, DNA computing, sequence mapping, genome comparison, gene expression data mining, metabolic network modeling, and phyloinformatics.
The important work of some representative researchers in bioinformatics is brought together for the first time in one volume. The topic is treated in depth and is related to, where applicable, other emerging technologies such as data mining and visualization. The goal of the book is to introduce readers to the principle techniques of bioinformatics in the hope that they will build on them to make new discoveries of their own.